Байерн Мюнхен II (на немски: FC Bayern München II) е дублиращият отбор на Байерн Мюнхен. Състезава се в Трета лига на Германия. От 1973 до 2011 г. Байерн II се състезава в третото ниво на германския футбол. Между 2008 и 2011 г. е част от Трета лига, но през сезон 2010/11 завършва на последно място и отпада в Регионаллига Байерн. През сезон 2018/19 завършва на първо място и след баражи печели промоция за Трета лига.